ภาคกอบกู้โตเกียว เริ่มศึกได้ หลังจากที่ได้สู้กับเด็กหนุ่มนามว่าสติกม่า ผู้บงการอมาลาริก ทำให้ชายย์ได้รับประสบการณ์มา และเติบโตขึ้นอีกขั้น แต่เมื่อชายย์ได้กลับไปยังประเทศญี่ปุ่น ก็พบกับเจ้าหญิงที่หนีออกมา จากหมู่บ้านนินจาของตนนามว่า ไอ เท็นโนจิ โดยเธอได้บอกกับชายย์ว่า กำลังไล่ตามหนึ่งในสมาชิกของอมาลาริกอยู่นั่นเอง ในระหว่างนั้นได้เกิดลูกกลมขนาดยักษ์ห่อหุ้มกลืนเมืองโตเกียวไป เมื่อเกิดเหตุดังนี้ เหล่าฮีโร่จึงได้ออกปฏิบัติการ เพื่อกอบกู้โตเกียวคืนมา